La storia del convento, sin dalla sua fondazione, si lega inevitabilmente alla vita della città e del territorio.
Quasi certamente fondato nel 1008 dai monaci benedettini, è inizialmente intitolato a Santa Maria de’ Consoli; in un documento del 1040 viene annoverato tra i beni dell’abbazia di Farfa in Sabina, per passare poi ai frati minori francescani fino alla sua soppressione, nel XIX secolo. È nel XIV secolo che il convento viene intitolato a San Francesco d’Assisi e, come documentato dallo Statuto di Deruta del 1465, entra a pieno in ogni aspetto della vita civile e religiosa di Deruta.

Nel 1998, dopo un lungo e sapiente intervento di restauro e un’opera di allestimento all’avanguardia, il complesso conventuale diviene la sede definitiva del Museo Regionale della Ceramica di Deruta.